反对黄来福奏本的官员如潮，虽然各人说得冠冕堂皇，其实归根到底，还是文武之争。不过万历皇帝却是心动了。文官集团的强大力量，己经让他深深忌惮，是应该扶持起一个武人集团与之相抗衡了。
而且黄来福奏本上的话很让他动心，可以以大明各处久经沙场，现在正在荣养的老军官们来教习学员们韬略，沙场征战之能，形成系统的训练制度，增强大明军力。
同时间，在军校培养各种将才的同时，还可以向他们灌输忠君为国的道理，让他们忠勇为国，可说是一举两得。
一时间，万历皇帝眼睛发亮，越想眼睛越明亮，将军校的建立拔高到一个非常高的层次，到了最后，五寨堡军校己经不是一所地方似的军校，而是国家层次的军校了。
到了这个程度，黄来福也干脆再出主意，建议将五寨堡军事学院命名为大明皇家军事学院，以后学校出来的将官，都是天子门生，定可大大提高学员们对皇帝的忠诚度，出现一大批忠于皇室的国之将才。
万历皇帝欣然同意，不但亲自担任军校的名誉校长，还亲手御赐了“大明皇家军事学院”几个金光大字作院名，同时还手书了“忠诚，奋勇，严谨”等六字校训，而且又派出自己一员心腹太监作督导。
见万历皇帝如此，百官们自然是不答应，这年头，还有什么是不许文官们插手的？军校的设立看来己是无力回天，只能退而求其次。最后在吵闹之下，兵部武库司的一员郎中也被选为军校的一员督导，才暂时停止了这种吵闹。
理所当然的，黄来福成为军校的校长，很快，军院相关的事务便紧锣密鼓地展开。建立校舍，从九边各镇中选拔聘请各个军事经验丰富的退休老将官，选拔两镇中各个卫所营军的军官及舍人子弟入校学习等，一步步有条不紊地进行。
五寨堡建立的大明皇家军事学院成为当时大明的热门话题，不但是山西大同两镇，就是余者九边各镇的军官子弟们，也是对此充满了浓厚的兴趣，千方百计想成为军校的一员。天子门生啊，这个金字招牌谁不想要？
几个月后，被后世誉为大明近代军队摇篮的皇家军事学院在五寨堡开学，当第一期新生进校时，学校举行开学典礼，黄来福与两位督导都作了训词。
按学制分，军校分为初级军事指挥班，中级班，高级班三种。
初级班培养百户，百总以下的军官，学制二年。中级班培养百总到守备一级的军官，学制三年，同时轮训有升职机会的百总以上级别军官。高级班培养守备上以上的军官，学制四年。
不但如此，军校内还有诸多炮科、工科及参谋科等科目，还有很重要的政治科，学员们要学习的东西很多。
关于军校的治军思想，主要来源于中国传统的治军思想，兼容黄来福的一些新式理念。其主要体现在“勤以训练，厚以教养，严以军纪，指导之以效忠皇明政治观念”等几个方面。
从以后的事实效果来讲，军校的作用是巨大的，培养了一大批优秀的将领，让学员明白为何而战，为谁而战。对大明军中良好作风的形成，军队战斗力的提高，有着非常积极的作用。
……
黄来福纠察治理军队的同时，规模浩大的两镇五年政务治理，也是同时展开。
从万历二十七年年底到万历二十八年年初，抽选自总督府屯牧部中富有经验的屯田人员，作为总督府的幕僚派遣人员，会同两镇的户部，工部等委官，同时在在山西镇的汾河，沱河等流域，大同镇的桑干河，御河等流域展开了大规模的荒地勘查，水渠路线等修建筹备。
黄来福决定在五年规划中，在这些地方修建数十个大型水利工程，几条巨型的水渠等，为未来的大规模军屯打下基础。他可不是随便说说的，经由东征债券及开发债券筹备来的巨额资金，为他这种大规模的建设，撑起了坚实的保障基础。
这个年代，由于小冰河天灾的影响，这几河流域中，可供利用的平川及荒地还是很多的，只要水利跟得上去，完全可以将这些荒地变成良田。
退一步来说，就算两镇内的土地不足，塞外还有大批的土地，完全可以安置镇内富余的军队人力，让原先那些只能空耗粮饷，吃着闲饭无所事事的军士们找到新的用武之地。
事务可说是在雷厉风行中进行，一旦某地的水渠路线，荒地勘查结束，就是大批被划分为乙等军，丙等军的两镇军士们被移防在这里，成为当地新的屯田卫所。
不说两镇内某地整个千户所，百户所的军队及家属全部被移到外地是常事，就是整个卫所的军士被移也不是没有。
大明军屯百年下来，许多地方的军屯土地九成变为当地文官武将豪强太监的私产是很正常的，就如原来的五寨堡军屯地一样，大部分成了黄家的私产，余者军士们，过着奴隶都不如的生活。
黄来福正是深深地了解到这一点，所以他干脆来个釜底抽薪，让人全部卷走，让他们转移地方，就算原来卫所的土地还是那些将官们所有，现在他们镇守的地方都变了，看他们怎么办。
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